Η Πάτμος αντιμετωπίζει σοβαρό πρόβλημα ρύπανσης, σύμφωνα με καταγγελίες που έρχονται στη δημοσιότητα. Οι εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού δεν λειτουργούν επαρκώς, με συνέπεια τα λύματα να καταλήγουν ανεπεξέργαστα στη θάλασσα, δημιουργώντας έντονη δυσοσμία και κινδύνους για τη δημόσια υγεία.